Jurusan yang telah terakreditasi B , PAI dan PGMI

Institut Agama Islam Nahdlatul Ulama (IAINU) Kebumen dari Fakultas Keguruan dengan tiga bidang. Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI) merupakan warisan dari Program Studi di STAINU Kebumen. Jurusan ini mencetak guru-guru agama di semua tingkat pendidikan baik di Sekolah Dasar (SD / MI), Sekolah Menengah (SMP / MTs), dan Lanjutan Atas (SMA / SMK dan MA). Jurusan Pandidikan Agama Islam di IAINU Kebumen telah memiliki mahasiswa nomor 1652 pada tahun akademik 2013/2014. Jurusan yang telah terakreditasi B, ini merupakan jurusan favorit di IAINU Kebumen.

Jurusan Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) juga merupakan jurusan dari Program Studi dengan nama yang sama sebelumnya di STAINU Kebumen. Pelajaran ini menghasilkan guru kelas di sekolah dasar di Madrasah Ibtidaiyah (MI) dan di Sekolah Dasar (SD). Kurikulum PGMI di IAINU Kebumen referensi dari Universitas Negeri Yogyakarta dan Universitas Islam Negeri. Pada jurusan ini pembelajaran bahasa Indonesia, Matematika, IPS, IPA, Bahasa Inggris, Bahasa Daerah, Penjasorkes.